Đến mùa xuân năm 1967, Robert McNamara và các lãnh đạo dân sự khác trong chính quyền đã tin rằng cả Sấm Rền và chiến tranh trên bộ tại Nam Việt Nam đều dậm chân tại chỗ.[69] Chiến dịch ném bom đã không đạt được các mục tiêu và những người vỡ mộng đã liên tục phản đối các khuyến nghị của Hội đồng tham mưu về việc tăng nhịp độ ném bom và nới lỏng hạn chế mục tiêu.[70] Các tướng lĩnh thấy mình rơi vào vũng lầy do chính mình tạo nên. Họ liên tục tuyên bố rằng chiến dịch có hiệu quả, nhưng cũng liên tục yêu cầu thẩm quyền rộng hơn để làm cho chiến dịch thành công.[71] Đơn giản là không thể dung hòa được các mục đích giới hạn là kết quả của chính sách ngoại giao của Mỹ với mục tiêu toàn thắng của giới quân sự. Bài toán hóc búa khi đó đã trở thành: làm thế nào đánh bại Bắc Việt Nam mà không hủy diệt Bắc Việt Nam.[72]

Ngày 9 tháng 8 năm 1967, Uỷ ban Quân vụ Thượng viện (Senate Armed Services Committee) mở cuộc điều trần về chiến dịch ném bom. Các phàn nàn của quân đội đã khơi sự chú ý của một vài trong số những người lớn tiếng nhất thuộc phe diều hâu tại Capitol Hill.[73] Các chỉ huy quân đội trả lời các chất vấn của hội đồng, phàn nàn về bản chất từng bước của cuộc không chiến và các hạn chế do phe dân sự đặt ra. Rõ ràng, McNamara, quan chức dân sự duy nhất ra điều trần và người cuối cùng ra trả lời chất vấn của hội đồng, đã là vật tế thần.[74] Vị Bộ trưởng quốc phòng đưa ra các phản đối của mình về một cuộc không chiến bừa bãi và đã bác bỏ thành công các lời buộc tội của các chỉ huy quân sự.[75] Ông thẳng thắn thừa nhận rằng đã "không có cơ sở nào để tin rằng một chiến dịch ném bom nào hủy diệt Bắc Việt Nam và dân số của nó mà có thể buộc chính phủ Hồ Chí Minh khuất phục."[76]

Tổng thống Johnson đã thấy rõ rằng McNamara đã trở thành một trở ngại cho chính phủ.[77] Tháng 2 năm 1968, McNamara từ chức và được thay thế bởi Clark Clifford, người đã luôn chống đối đề nghị của McNamara về việc ổn định quân số Mỹ tại Nam Việt Nam và chấm dứt chiến dịch Sấm Rền.[78] Tuy nhiên lập trường của McNamara lại ngay lập tức được nối tiếp bởi Ngoại trưởng Dean Rusk, người mà trước đó vẫn ủng hộ chiến dịch ném bom. Rusk đề xuất giới hạn chiến dịch chỉ trong vùng cán xoong miền Trung mà không cần điều kiện tiên quyết và đợi phản ứng của Hà Nội.[79] Trong vòng vài tháng, cả Clifford cũng bắt đầu có cách nhìn của người mà ông đã thay thế, ông đân dần trở nên tin tưởng rằng Mỹ phải rút ra khỏi một cam kết mở đối với cuộc xung đột.[80]

Thất vọng vì các thất bại chính trị trong nước và hy vọng rằng Hà Nội sẽ đi vào đàm phán, ngày 31 tháng 3 năm 1968, Tổng thống Johnson tuyên bố chấm dứt ném bom ở phía bắc vĩ tuyến 19.[81] Kết quả của quyết định này là Không quân và Hải quân bắt đầu dồn toàn bộ hỏa lực mà trước đây họ rải khắp miền Bắc xuống khu vực giữa hai vĩ tuyến 19 và 17. Không quân tăng gấp đôi số lượt đánh phá khu vực 1, lên tới hơn 6000 lượt mỗi tháng, tập trung đánh chặn các "điểm cuống họng", cắt đường, và săn xe tải.[82]. VNDCCH đáp lại bằng cách tăng gấp đôi số khẩu đội phòng không tại vùng cán xoong, nhưng hầu hết các khẩu đội SAM vẫn được giữ nguyên ở quanh Hà Nội và Hải Phòng.

Tuy trước đó liên tục tuyên bố rằng sẽ không đàm phán nếu vẫn bị ném bom, nhưng cuối cùng VNDCCH cũng đồng ý gặp Mỹ tại Paris để bắt đầu đàm phán. Đáp lại, Tổng thống Johnson tuyên bố lệnh ngừng ném bom hoàn toàn miền Bắc sẽ có hiệu lực từ ngày 1 tháng 11 năm 1968, ngay trước cuộc bầu cử tổng thống Mỹ. Mặc dù việc ngừng ném bom được gắn với tiến triển của đàm phán hòa bình, Hội đồng tham mưu không tin rằng chính phủ sẽ lại mở chiến dịch ném bom do dù tình hình như thế nào.[83] Họ đã đúng.